À la suite de la crise des XIVe-XVe siècles est né un désir de réforme de l’Église et d'un retour aux sources du christianisme. Commencée en 1517 par Martin Luther en Allemagne, la Réforme rejette la supériorité spirituelle du pape et du clergé en général et considère que seule la foi en Dieu est salvatrice. D’autres réformateurs, comme Bucer, Zwingli et Calvin développent des idées inspirées de Luther. La Réforme touche la majeure partie de l'Europe du Nord-Ouest et est à l’origine de violents affrontements aux XVIe et XVIIe siècles, les guerres de religion. L’Église catholique réagit par une contre-réforme engagée à l’issue du concile de Trente.